地出身之人，或有亲戚、或有同窗、同乡关系，使得地方势力与政府官僚难以切割。

　　再者，江南又是经济先进地区，将南京定为首都造成的结果是国家经济单方面的在南方循环，甚至是自我闭锁，如此一来面对北方的统一会造成相当程度的困难。对于地主阶级而言，支持明朝建立的初衷就是为了维护其自身的利益不受损害，政治重心设在南方，无形中可以保障他们的势力；

　　但从明朝政府的立场来看，帝国版图并不是局限于南方，更包括尚未一统的北方。因此，一面倒向南方的政策对于国家长久的发展是极其的不利，朱元璋也曾试图解决这样的窘境，洪武四年的《太祖实录》记载道：“朕之用人，惟才是使，无间南北。”藉由无区别地的平等用人以拉近南北差距，但显然效果并不理想，于是朱元璋又令吏部严格调查为官者的户籍，以绝冒籍之事发生，达到“南北更调”断绝其势力基础。最后，甚至废止科举，仅保留能从全国均等任用人才的举荐。

　　然而，以上的方法都无法根本解决南方尾大不掉的局面，直到数年后情形才出现转变，那是洪武九年与洪武十三年发生的空印案与胡惟庸案，朱元璋趁机对地方及中央作出了肃清。

　　洪武八年时扩郭帖木儿去世，北元势力大势已去，明朝陆续撤回大批北驻的武将，注意力也由外政转向内政，此时明朝政治渐入安定，荒田复耕，赋税制度完备。空印案就是在这种背景下发生的，原本空印文书，省去核对时不合所需的奔波是当时俗成的惯例，突然在没有警告的情况下，朱元璋就以产生弊病为由进行惩处，这是令官僚们难以想象的，数以百计的官僚被撤换，可以视为是明朝中央对地方官，特别是南人官僚的大肃清。

　　除此之外，地方最高行政机关行中书省也在此时被朱元璋裁撤，取而代之的是没有军政权限，只理民政的布政使司。因此，空印案一方面肃清了地方官僚，一方面也强化了皇权。

　　而胡惟庸案可以说是空印案的延续，其所谓的叛变只是为了要废止中书省而捏造的事件。中书省被撤销后，六部升格，明朝中央与地方的新统属关系才完全确立。胡惟庸案连坐者达一万五千多人，江南巨室、地主受到大规模的镇压、株连，朱元璋清除阻碍势力的意图十分明显。

　　总结两次的事件，行中书省、中书省被布政使司与六部取代，同时税收体系也改为“里甲制”，原本由地主阶级担任的粮长被废止。对统治者而言，带来的成果是巨大的，“里甲制”使一般民众被组织化、中书省、行中书省的废止使皇权进一步的强化。让明朝的体制比起原先更为进步，此点从洪武十五年时，朱元璋愿意恢复科举制

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